Boys Be... narre l'histoire de six jeunes lycéens qui apprennent la vie, l'amour, l'amitié. Kyoichi Kenzaki adore la peinture. Depuis sa plus tendre enfance, il côtoie Chiharu Nitta, sa camarade inscrite au club d'athlétisme. Nitta est devenue une belle jeune fille et Kyoichi n'est pas insensible à ses charmes...

Yumi et Aki en ont assez de leur vie de célibataires et sont bien résolues à se trouver l'âme sœur ! Pourtant, leur quête ne sera pas évidente, surtout quand le destin décide de faire réapparaître devant elles leurs premiers amours...

Yoshihiko est une véritable star du baseball. Mais il devient blasé et s'ennuie de la vie... jusqu'au jour où son intérêt s'éveille à nouveau et se porte cette fois-ci sur une lycéenne qui lui a volé un baiser...

Makoto est un surdoué de l'informatique. Les formules mathématiques, il connaît, mais la vie amoureuse, ça, c'est autre chose... Makoto est d'ailleurs persuadé que l'informatique peut lui apporter ce qu'il a toujours cherché : la fille idéale.